（1）治療慢性菌痢—尋找誘因，對癥處置。避免過度勞累，勿使腹部受涼，勿食生冷飲食。體質虛弱者應及時使用免疫增強劑。當出現腸道菌群失衡時，切忌濫用抗菌藥物，立即停止耐藥抗菌藥物使用。改用酶生或乳酸桿菌，以利腸道厭氧菌生長。加用B族維生素、維生素C、葉酸等，或者口服左旋咪唑，或肌注轉移因子等免疫調節劑，以加強療效。
（2）治療慢性菌痢—對于腸道粘膜病變經久未愈者，同時采用保留灌腸療法，可用1～5000呋喃西林液150ml，或加氫化可地松100mg，或5～10%大蒜溶液150ml加強地松20mg及0.25%普魯卡因10ml，保留灌腸，每晚一次，10～14日為一療程。