治療細菌性結膜炎，可使用多黏菌素、桿菌肽、紅霉素、四環素的混合眼膏。由于50%以上的沙眼衣原體結膜炎患兒合并其他部位的感染，因此應口服紅霉素。單純皰疹性結膜炎用三氟尿苷眼膏或眼液、皰疹凈眼膏治療，由于病毒易擴散到腦或其他器官，嬰兒可給予抗病毒藥物阿昔洛韋。新生兒不用糖皮質激素類眼膏，因為糖皮質激素類眼膏可加重沙眼衣原體和單純皰疹病毒的感染。
