1.病因治療
治療原發病針對造成膽汁淤積的病因進行治療。感染所致膽汁淤積，需要針對不同病原進行治療。如對CMV感染患兒可選用更昔洛韋治療。若病原為細菌則可根據細菌培養和藥敏結果給予敏感抗生素治療。對于PNAC患兒應盡早給予胃腸內營養，必要時可給予鼻胃管和鼻空腸管喂養，逐步減少胃腸外營養量，直至停用。中鏈三酰甘油（MCT）或以魚油為基質的脂肪乳劑可減少PNAC的發生。某些代謝病可采用飲食治療，如半乳糖血癥，可限食乳制品。藥物引起者，及時停藥。早期診斷、治療常可避免不良后果發生。對未完全明確診斷的患兒，應定期隨訪觀察，以避免不必要的手術，如將新生兒肝炎誤診為膽道閉鎖，則手術可促使肝硬化提早發生。PNAC患兒手術時機的選擇也很重要，過早進行手術會造成肝臟的進一步損害。
2.營養
營養過量與營養不足均對肝臟不利。患兒有脂肪瀉時，飲食中可減少脂肪，如給脫脂奶，加用中鏈三酰甘油。另外也應注意熱卡及蛋白質的充分供給。需預防脂溶性維生素缺乏，具體補充劑量應根據患兒膽汁淤積程度，病程長短及有無維生素缺乏癥來確定。水溶性制劑可口服，否則宜采用肌注給藥。膽汁淤積較輕或已緩解的，可改為口服。如有條件可進行血濃度監測，防止過量。
3.對癥治療
（1）利膽藥 利膽藥能促進肝細胞分泌和排泄膽汁，增加膽汁在腸道中的排泄，消除臨床癥狀并改善肝功能。如熊去氧膽酸，苯巴比妥，考來烯胺，微生態藥物，中藥茵梔黃等，必要時可使用腎上腺皮質激素。
（2）促進解毒功能藥物 葡醛內酯，谷胱甘肽等。
（3）促進蛋白質合成藥物 人血清白蛋白，支鏈氨基酸等。
4.手術治療
對于內科藥物治療無效的患兒，需外科治療，以減輕癥狀、維持生命。包括部分膽汁外分流術，部分膽汁內轉移術，腹腔鏡探查、膽道造影、膽道沖洗術，經內鏡逆行胰膽管造影等。對于難治性膽汁淤積或有肝衰竭的患兒可考慮肝移植。