大多數病例可被糾正，但治療不及時可導致不可逆的腎臟損害。預后視引起尿路梗阻的病變情況及是否存在尿路感染而不同。一般來說，輸尿管結石引起的急性腎衰是可逆的，腎功能可充分地恢復，而在慢性進行性的梗阻性尿路疾病，腎功能不全可以是部分或不可逆的，當及時給予充分的治療時，腎功能的預后較好。
治療包括采用藥物（如前列腺癌的激素治療），器械（如內鏡，碎石）或手術排除梗阻。如腎功能受損，尿路感染持續或疼痛明顯，應對腎盂積水進行迅速引流。對嚴重的梗阻性尿路疾病，尿路感染和結石可能需行暫時性引流。經皮技術可用于大多數病例。下尿路梗阻可能需行導尿管引流或作尿流改道。對某些患者可內置豬尾巴輸尿管導管作急性或長期引流。必須對尿路感染和腎衰進行積極治療。
有疼痛和利尿后腎圖陽性的患者，應考慮手術治療。而對無癥狀患者在利尿后腎圖陽性但腎功能正常或利尿后腎圖陰性的無需治療。
治療尿路結石從兩方面考慮，一是治療原發病如代謝紊亂、感染或已存在的解剖因素；另一方面是處理結石的并發證即梗阻，感染。最簡單而有效的是大量飲水，稀釋尿可延緩尿石生長及防止尿石再發，有感染時大量飲水多可促進引流。改變尿pH也可防止結石復發，胱胺酸更易溶于pH在7.5以上的尿液中，蘇打及枸櫞酸鈉可堿化尿液。別嘌呤醇口服可減少尿酸及2，8-雙羥腺嘌呤的產生，故對控制該類結石復發有效。既往手術適應證為：
①結石過大，估計不能從尿路排出者。
②伴發腎積水、感染，引致腎功能減退者。
③經常發生嚴重疼痛及大量血尿，影響健康者。
④急性梗阻性無尿或少尿。
⑤經長期施用非手術療法無效者。
對于輸尿管結石，針刺和中藥治療效果都較好。在梗阻或感染較重的病例以及結石較大，用上法不能排出結石時，仍應考慮輸尿管切開取石術。較小的膀胱結石，可試用中藥化石及抗感染治療。如結石較大，則應做恥骨上膀胱切開取石及造瘺。小兒腎結石多可經體外震波碎石處理；經內腔鏡、經皮取石在小兒應用較受限。