1、特效治療
由于CST是致命性疾病，早期確診和及時治療非常重要。與腦靜脈竇血栓形成通常采用抗凝、溶栓和抗血小板聚集等治療不同，CST作為感染性疾病，早期應聯合用藥，如能獲得病原體培養及藥物敏感試驗結果，可再對原方案進行優化；但由于血培養陽性率很低，通常可采用大劑量廣譜抗生素。某些三代頭孢菌素、萘夫西林、甲氧西林和萬古霉素等穿透性較好，氨基糖苷類則較差。國外的許多CST病例報道證實為肺炎鏈球菌感染，青霉素族有效，可用三代頭孢類如頭孢噻肟鈉（成人6 g/d）或頭孢曲松鈉（成人2~4 g/d）等。抗生素應用療程可依據患者的臨床反應及神經影像學動態變化而定，一般不應少于4周。
在近期的一份9例膿毒性CST病例報道中，5例（55.6%）被證實為真菌感染，原發性感染灶均為鼻竇炎，其中接合菌（Zygomycete)3例、曲霉屬（Aspergillus)1例以及未確定的真菌1例，均經鼻竇活檢證實[6]。盡管病因明確，并進行了抗真菌治療，5例中仍有3例死亡。
抗凝治療應謹慎應用。最近報道的1例CST引起中腦環池非動脈瘤性蛛網膜下腔出血的病例，因應用低分子肝素（2 mg/kg·d）治療海綿竇血栓形成，1周后出現顱內大量出血。
2、對癥治療
針對顱內壓增高和腦水腫可應用脫水和降顱壓治療，還應注意維持水電解質和酸堿平衡等。