1.治療原則
（1）抗阿米巴治療。
（2）抗生素治療。
（3）中醫中藥治療。
（4）對癥支持治療。
2.用藥原則
（1）為取得最佳療效，多采用聯合用藥。
（2）普通型一般采用滅滴靈，其治愈率很高，如加用巴龍霉素或四環素更能提高療效。若有包囊排出，可加用糖脂酰胺或雙碘奎琳或奎碘仿。
（3）暴發型可采用滅滴靈靜脈滴注，同時用抗生素治療。
（4）慢性型可選用滅滴靈或雙碘奎琳或奎碘仿。
（5）無癥狀型和輕型可選用糖脂酰胺或雙碘奎琳或滅滴靈均有一定療效。
（6）抗蟲治療目前以甲硝咪唑（滅滴靈）為急性阿米巴病（包括不同部位的膿腫）的首選藥物，口服吸收良好，副作用少，但到達結腸濃度偏低，單純用于治療帶蟲者的效果并不理想。根治腸阿米巴病應配伍用喹碘方、碘氯羥喹等對腸腔型阿米巴有效的喹啉類藥物。氯喹亦為治療腸外阿米巴病的有效藥物。中藥鴉膽子仁、大蒜素、白頭翁等也有一定療效，且副作用小。