由于目前尚無針對焦磷酸鈣沉積病病因的特異性藥物，對本病的治療尚停留在對癥和支持治療。
1.急性滑膜炎的治療
（1）關節腔內抽液與注射 在通常情況下，僅僅抽取關節液本身就能極大地緩解癥狀，而有時這又是惟一的治療措施。對于那些有反復關節腔積液的患者，可在明確關節液培養或革蘭染色陰性的情況下向關節腔內注射糖皮質激素。而關節腔沖洗僅僅用于頑固的反復發作的或對關節腔內注射糖皮質激素無效的病例。
（2）口服藥物 普通的鎮痛藥或非類固醇抗炎藥可能會在關節局部操作的基礎上進一步緩解患者的癥狀，但在老年人應該慎用。秋水仙堿在急性期能夠緩解一定的癥狀，但在預防假性痛風的發作上仿佛并無多大的效果。而非類固醇抗炎藥對于那些多關節的發作或關節局部治療無反應的病例是否有效，至今還有爭議。
2.慢性焦磷酸關節病的治療
慢性期的治療目的也只能是緩解癥狀，保持并改善關節的功能。
（1）治療原則 減輕體重、使用拐杖或其他輔助行走的措施、學會使用關節的正確方法、適度地提高肌力和張力，都能夠從力學上減輕關節的壓力和磨損，穩定并改善關節的狀況。
（2）激素治療 關節腔內注射糖皮質激素也可改善慢性期的臨床癥狀。
（3）對癥藥物 與治療假性痛風一樣，慢性焦磷酸關節病的老年患者應慎用鎮痛藥和非類固醇抗炎藥，應用時應該注意劑量。總的來說，臨床上更傾向于給予鎮痛藥，避免反復給予非類固醇抗炎藥治療。
（4）手術治療 對于那些呈進行性破壞或損壞十分嚴重的大關節可以考慮進行關節置換術。