1.治療原則
沙眼衣原體感染的治療目的是治愈感染，防止產生合并癥，阻斷進一步傳播。治療原則是早期發現，早期治療，用藥足量、足療程。性伴需同時治療。
2.治療方案
目前對于成人沙眼衣原體尿道炎、宮頸炎、直腸炎，通常采用的治療方案為：阿奇霉素，單劑口服，或多西環素，每日2次，共7～10日。其他可以選用的藥物包括米諾環素、紅霉素、四環素、羅紅霉素、克拉霉素、氧氟沙星、左氧氟沙星、司帕沙星等。可以根據具體病情、藥源等情況選擇使用。
3.性伴的處理
在患者出現癥狀或確診前的2個月內的所有性伴均應接受檢查和治療。病人及其性伴在完成治療之前應避免性行為。