手術徹底切除囊腫或瘺管是根治甲狀舌管囊腫或瘺管的主要方法，由于囊腫及瘺管同舌骨體的密切關系，手術時應切除與之相連的舌骨體中份，以防止復發。
沿頸部皮紋于囊腫表面作橫行切口，長度以能充分顯露手術野為宜，如為瘺，則應作包括瘺口皮膚在內的梭形切口；如囊腫位置較低，則應在剝離至舌骨體平面時再作一橫行切口。按切口設計分層切開皮膚、皮下組織、頸闊肌、頸前帶狀肌，顯露囊腫或瘺管，再沿其周圍分離，注意勿損傷甲狀舌骨膜，當至舌骨體下緣時，在其與舌骨體相連部分的兩側，切開舌骨膜及附著肌肉，用骨剪分別剪斷舌骨體兩側，將囊腫或瘺管與已切斷的部分舌骨體一并去除。沖洗創腔，徹底止血，縫合舌根部瘺管肌肉以消除死腔，將舌骨體切除后的骨斷端淺面所附著的肌肉及骨膜縫合。
若為囊腫癌變，伴有頸淋巴結轉移時，則需行頸淋巴結清掃術。術后病理類型為乳頭狀癌或濾泡狀癌者，可采用甲狀腺素抑制治療。如為鱗狀細胞癌，則術后可行放射治療。