1.一般治療
輕度直腸內套疊所致的便秘可遵循便秘的一般治療原則進行治療，包括飲食、排糞習慣的改變和必要的藥物治療，無效者可考慮手術治療。
2.手術治療
手術治療的基本原理是將脫垂的直腸黏膜切除或固定在直腸周圍的組織上，常用手術方法如下。
（1）直腸黏膜套扎術 適用于直腸遠端或中段黏膜內脫垂。黏膜急性炎癥、糜爛、腸炎、腹瀉等禁忌此術。
（2）直腸周圍注射術 適用于直腸遠端或中段黏膜內脫垂。
（3）直腸黏膜縱行折疊、注射術 適用于直腸遠端黏膜內脫垂、直腸遠端內套疊、中段直腸內套疊。特點是操作簡單，創傷小，術后恢復快，效果較好且并發癥少。
（4）改良Delorme手術 適用于直腸內脫垂，腸套疊深度達8厘米以上者。
（5）吻合器直腸黏膜環切釘合術 適用于直腸遠端內套疊，即直腸黏膜內脫垂。這種方法治療效果比較理想，適用于低位脫垂的重癥患者。但手術技術要求和治療費用都較高。
（6）直腸固定術 此手術需切開腹壁，在腹腔內將直腸上提固定在骶骨前面，適用于嚴重的高位直腸內套疊患者。