纖維肌痛綜合征是一種特發性疾病，其病理生理至今不明，因此治療比較困難，需要多個學科的醫生共同合作。目前的治療主要致力于改善睡眠狀態、減低痛覺感受器的敏感性等。
1.西醫治療
（1）消除癥狀加重的誘因 ①寒冷、潮濕環境。②軀體或精神疲勞。③睡眠不佳。④體力活動過度抑或過少。⑤焦慮與緊張。
（2）藥物治療 ①阿米替林 該藥是一種抗抑郁藥，睡前口服，對疼痛、失眠、晨僵有明顯改善。有明顯焦慮者可并用艾司唑侖（舒樂安定）口服。阿米替林的副作用可有口干、便秘、視力模糊、尿潴留、眼壓升高、心動過速等。②普瑞巴林 具有鎮痛、抗驚厥作用，對于減輕疼痛、改善睡眠有很好的作用。③度洛西丁 是一種5羥色胺、腎上腺素的再攝取抑制劑，除了緩解疼痛外，對于焦慮、抑郁比較明顯的患者有比較好的療效。④環苯扎林（胺苯環庚烯） 此藥對FS患者肌痛、失眠有一定療效。⑤氯丙嗪 睡前服，可改善睡眠，減輕肌痛及肌壓痛。
（3）心理治療 本病多見于青壯年女性，有明顯的神經精神癥狀，如頭痛、失眠、心煩焦慮等，因此在發病及臨床表現中都有明顯的心理障礙，醫生應耐心解釋、指導，注意心理治療。
（4）其他治療 如局部交感神經阻斷、痛點封閉、經皮神經刺激、干擾電刺激、針灸、推拿、磁療、綜合電磁熱治療、遠紅外旋磁儀治療等均可試用。這些治療的療效和機制尚有待進一步研究。
2.中醫治療
纖維肌痛綜合征屬中醫痹病范疇。中醫中藥治療施行安神養血。疏筋通絡，活血化淤，行氣止痛，以解除患者的疼痛及睡眠障礙。