由于息肉的性質難從肉眼判斷，故一般發現后應手術摘除或切取作病理學診斷，由于所在部位息肉或腺瘤大小、個數、有蒂或無蒂及息肉性質不同而選擇不同治療方案。
（1）圈套凝切法 先吸凈周圍附著息肉的黏液和糞水，抽出并注入空氣以置換腸道內可能含有的氫氣、甲烷等，以防電灼時發生爆炸，近息肉張開圈套絲，避免套圈過于貼近腸壁，損傷腸壁致死穿孔，套入后抽緊套絲，根據蒂的粗細選擇不同的電流功率，切割勿過快，切割慢止血完善。
（2）活檢鉗凝切法 對0.5cm的廣基病灶，用活檢鉗全部咬住，上提使基底呈幕狀的狹細假蒂，隨后通電流凝固數秒鐘，局部呈灰白色即可將活檢鉗咬緊拉下組織送病理檢查。
（3）電凝器灼除法 多為0.5cm以下病灶，多屬良性，對鉗切不能切除者，可以電凝止血器接觸后以凝固電流燒灼切除。但勿過深以免穿孔或遲發性穿孔，后者可發生于術后2～7天。
（4）手術治療 息肉及息肉病的手術治療一般包括：局部切除、腸壁切除、腸段切除、次全結腸或全結腸直腸切除。視息肉的多少、有無蒂及所在的部位而定：①有蒂單個作內腔鏡下圈套、電灼（凝）或結扎摘除。對體積較大者，不易行圈套切除或切開摘除，亦可選擇腸壁、腸段切除。②無蒂或廣蒂者，位于腹腔反折以下者作局部切除，反折以上者切開腸壁包括基底部腸壁一并切除或腸段切除。③腺瘤病，包括家族性、非家族性，Gardner與Turcot病均有眾多的腸瘤，易癌變且發生年齡早，如家族性腺瘤病一般50歲以前均全部癌變，故主張診斷為此病者全結腸直腸切除、回腸造瘺，但給較年輕患者帶來終身的生活不便，故有人主張作全結腸切除回腸直腸吻合。術后要嚴密隨訪。直腸部分切除外加殘留直腸的黏膜剝離，保留下段直腸肌管，回腸與直腸下段直接吻合。總之保留肛門功能，雖給手術增加一些難度，但能避免終生性回腸造瘺是可以的，也易于被患者所接受。