1.調整飲食
避免敏感食物，減少產氣食物，奶制品，大豆，扁豆，卷心菜，洋蔥，葡萄干等屬于產氣食物，高脂肪食物抑制胃排空，增加胃食管反流，加強餐后結腸運動，蘋果汁，梨汁，葡萄汁可能引起腹瀉，高纖維素食物（如麩糠）可刺激結腸運動，對改善便秘有明顯效果。
2.心理和行為治療
對患者進行耐心的解釋工作，具體包括心理治療，生物反饋療法等，對于有失眠，焦慮等癥狀者，可適當予以鎮靜藥。
3.藥物治療
（1）胃腸解痙藥抗膽堿能藥物最常用，尚可部分拮抗胃結腸反射和減少腸內產氣，對減輕餐后腹痛，便意窘迫有益，鈣通道阻滯藥如：硝苯地平（硝苯吡啶）對腹痛，腹瀉有一定效果，匹維溴銨為選擇性的胃腸道平滑肌鈣離子通道拮抗劑。
（2）胃腸道動力相關性藥物洛哌丁胺可抑制腸蠕動，止瀉效果良好，多潘立酮（嗎丁啉）是一種多巴胺受體阻斷藥，促進胃十二指腸排空，減弱胃結腸反射，西沙必利能增加肌間神經叢節后纖維釋放乙酰膽堿，對全胃腸動力有刺激作用，這二者對減輕便秘及上腹飽脹等有效。
（3）瀉藥通常避免使用，但對嚴重便秘者可短期使用，首選半纖維素或滲透性瀉藥，睡前服乳果糖15～30ml，尤其適用于老年人。
（4）精神藥物對具有明顯精神癥狀的患者，適當予以鎮靜劑，抗抑郁藥，抗焦慮藥有一定幫助，通常與其他藥物合用，一般應從小劑量開始。
（5）消除胃腸道脹氣二甲硅油，藥用炭（活性炭）具有消氣去泡作用，臨床常用。
（6）腸道益生菌部分腹瀉型患者可能有腸道菌群的紊亂，應用腸道益生菌類制劑（如雙歧桿菌，地衣芽胞桿菌，乳酸菌素等）有幫助。
（7）其他5-HT4受體部分激動藥替加色羅對便秘型IBS有效，并可明顯改善患者的腹痛癥狀，5-HT3受體拮抗藥阿洛司瓊對腹瀉為主的IBS有效。