直腸肛門癌的生物學特性決定其對放療和化療不敏感，所以采取外科根治手術為主，放療、化療、生物治療等為輔的綜合治療。
對直腸下段癌特別是肛管癌，宜術前放療，使腫瘤縮小，轉移淋巴結消失，減少癌性粘連，降低癌細胞活力，閉合脈管，降低病理分期，提高手術切除率，減少醫源性播散，降低復發率。
化療主要用于術前、術中和術后的輔助治療。
生物治療能提高機體免疫能力，間接起到治療腫瘤作用。常用的藥物有：干擾素、白介素-2、免疫核糖核酸、腫瘤壞死因子等。
