目前肝性脊髓病尚缺乏明確有效的治療方法，往往是積極治療原發病。治療原則是保護肝臟、降血氨和促進脊髓功能恢復。因發病機制復雜，多因素參與，需采取綜合措施。
1.減少腸內毒物的生成和吸收
（1）飲食和營養 限制蛋白質的攝入量，每天供給一定熱量和足量維生素，以糖類為主要食物，以后可按臨床癥狀及血氨測定漸增至病人能耐受為止。植物蛋白最好，植物蛋白中含蛋氨酸、芳香族氨基酸較少，而含有多量的支鏈氨基酸，且能增加糞氮排泄。此外，植物蛋白含非吸收性纖維，被腸酵解產酸有利于氨的排除，且有利于通便。
（2）灌腸或導瀉 清除腸內積食、積血或其他含氮物質，可用生理鹽水或弱酸性溶液（如稀醋酸液）灌腸，或口服或鼻飼33%硫酸鎂30～60ml導瀉。乳果糖口服或灌腸作為首選。乳果糖口服后在結腸中被細菌分解為乳酸和醋酸，使腸腔呈酸性，從而減少氨的形成和吸收，同時促進有益細菌的生長。
（3）抑制細菌生長 口服新霉素、利福昔明或選服去甲萬古霉素均有良效。
2.促進有毒物質的代謝清除，糾正氨基酸代謝紊亂
（1）降氨治療 谷氨酸鉀/鈉、精氨酸、苯甲酸鈉、苯乙酸、鳥氨酸-ɑ-酮戊二酸和鳥氨酸、門冬氨酸均有顯著的降氨作用。
（2）支鏈氨基酸 口服或靜脈注射以支鏈氨基酸為主的氨基酸混合液，在理論上可糾正氨基酸代謝的不平衡，抑制大腦中假神經遞質的形成，但對門-體分流性腦病的療效尚有爭議。對于不能耐受蛋白食物者，攝入足量富含支鏈氨基酸的混合液對恢復患者的正氮平衡是有效和安全的。
（3）人工肝 用活性炭、樹脂等進行血液灌流或用聚丙烯腈進行血液透析可清除血氨和其他毒性物質。
3.鞘內注射地塞米松治療脊髓病
可阻止脊髓錐體束的脫髓鞘，近期療效尚可。
4.肝移植
是治療各種終末期肝病的有效方法，各種頑固、嚴重的并發癥在移植術后能得到顯著的改善。肝移植能從根本上去除肝性脊髓病的病因，有利于防治，但對于已經出現下肢痙攣性截癱的患者，大多數學者認為無法改善其神經受損的狀況。
5.其他
配合針灸、理療、按摩及中藥等亦使病情有不同程度的改善。