腸結核的治療目的是消除癥狀、改善全身情況、促使病灶愈合及防治并發癥。強調早期治療，因為腸結核早期病變是可逆的。
1.休息與營養
可加強患者的抵抗力，是治療的基礎。
2.抗結核藥物
是本病治療的關鍵。藥物的選擇、用法、療程同肺結核。
3.對癥治療
腹痛可用抗膽堿能藥物。攝入不足或腹瀉嚴重者應注意糾正水、電解質與酸堿平衡紊亂。對不完全性腸梗阻患者，需進行胃腸減壓。
4.手術治療
適應證包括：①完全性腸梗阻；②急性腸穿孔，或慢性腸穿孔瘺管形成經內科治療而未能閉合者；③腸道大量出血經積極搶救不能有效止血者；④診斷困難需剖腹探查者。