1、病因治療
積極治療原發軀體疾病，消除誘發肺性腦病的各種因素，包括控制感染、改善心肺功能、糾正酸中毒、減輕或消除腦水腫；禁用或慎用麻醉藥、催眠藥、抗精神病藥；預防呼吸道感染、充血性心力衰竭、氣胸、血壓下降等的發生；加強通氣功能，改善腦缺氧，降低顱內壓，維持電解質及酸堿平衡和控制感染并戒除吸煙等陋習。支氣管哮喘者急性期還需用解痙、平喘藥，以控制發作；同時祛除發作誘因如控制感染等。緩解期可進行特異性脫敏，應用抗變態反應藥物如激素等；緩解期可進行非特異性脫敏療法和應用免疫增強劑。在大多數病例中在采取相應的病因療法后，由于呼吸道原發疾病得到控制，精神障礙亦隨之緩解。
2、精神障礙的治療
在精神障礙的處理中，禁用麻醉劑及催眠劑。有意識障礙時，如興奮躁動較輕，不必應用抗精神病藥，以免進一步抑制呼吸功能。對興奮、譫妄狀態等采取少量舒必利等藥為宜。興奮過劇時可肌注地西泮（安定）或氟哌啶醇。意識清晰者為控制精神癥狀可口服小劑量奮乃靜或氯氮平等。對意識障礙不需應用鎮靜藥；對精神分裂樣癥狀可給予利培酮、氟哌啶醇等抗精神病藥物；對伴焦慮、抑郁癥狀者可采用抗焦慮藥和抗抑郁劑。但均應從小劑量開始，逐漸增量，以不產生嚴重嗜睡為宜，并嚴密注意藥物的其他不良副作用。
3、支持療法
如以意識障礙為主，則需同時施行支持療法，包括能量供給，維持水、電解質平衡和維生素的補充。可用促進腦代謝藥如三磷腺苷（ATP）、輔酶A、胞磷膽堿等。
4、心理治療
應在上述治療基礎上同時進行，但一般需在急性期緩解后或等意識障礙恢復后，患者能接受時在施行。心理治療手段視精神障礙的種類而定。支氣管哮喘心理治療，對功能性成分較大者，暗示治療可緩解發作。家庭治療，如矯正家庭成員的育兒態度，也頗為重要。
5、加強護理
護理工作中既要注意對軀體疾病的護理，又要做好精神科的特殊護理。環境和心理護理有助于消除患者的恐懼、焦慮情緒，對有意識障礙的病人特別要注意安全護理。良好的護理直接關系到軀體性精神障礙的預后和結局。