1.外用藥物
可以給予2%酮康唑洗劑外用，連續使用7～10天；2%二硫化硒洗劑外用，7～19天。面積較小的患者，或由于各種原因不能口服抗真菌藥物的患者，可以給予1%聯苯芐唑乳膏/凝膠、2%咪康唑乳膏、2%酮康唑乳膏、2%益康唑乳膏外用，療效均較好。特比萘芬、布替萘芬、萘替芬等丙烯胺類抗真菌藥物同樣有效。阿莫羅芬和環吡酮胺作為新型抗真菌藥物，也可以應用于花斑糠疹的治療。由于花斑糠疹難以治愈，容易復發，間歇重復用藥有助根除，有的時候還可以先用洗劑清洗后再外用藥物，能提高療效。
2.系統治療
對于面積較大或者反復發作的患者，可以給予伊曲康唑，酮康唑，氟康唑等唑類藥物口服治療。