該病治療原則為補充營養和糾正水、電解質平衡失調。營養治療應緩慢進行，所進食蛋白質從每天0.8g/kg開始，逐步增加至每天1.5～2.0g/kg，其中1/3應為動物蛋白。若病人能攝食，鼓勵口服，應少食多餐，進食易消化的半流質。應控制鈉量。若病人不能口服，則經胃管或經靜脈給予營養治療。貧血者應予小量多次輸血。同時，輔以蛋白同化劑，如苯丙酸諾龍（nandrolone phenpropionate）25mg，肌內注射，每周1～2次。該藥有輕度潴鈉作用，不宜過早使用。
蛋白質-能量缺乏病人常常并非死于饑餓，而是死于水、電解質紊亂，故及時糾正水、電解質紊亂極為重要。用常規方法判斷失水很困難，應仔細觀察有無口唇及舌干燥、血壓降低、肢體末端厥冷和尿量減少。液體補充應保證病人有足夠尿量，兒童每24小時至少應排尿200ml，成人至少應排尿500ml。