治療衣原體首選四環素、阿奇霉素，此外多西環素、米諾環素、紅霉素、利福平、克拉霉素也可選用，氟喹諾酮類如左氧氟沙星、莫西沙星等也有效。β-內酰胺類、氨基糖甙類抗生素及萬古霉素、大觀霉素等無效。有效治療的療程需7～21天。鸚鵡熱病情嚴重者可同時使用糖皮質激素。同時配合輸液、給氧等一般治療。
對于合并癥，如眼瞼內翻、倒睫，尿道狹窄，女性不孕等，多需采用外科手術或其他綜合治療措施。
