患者應按腸道傳染病隔離，控制飲食。合并細菌感染時應給予抗生素。對確診患者和高度懷疑本病者應給予抗病原體藥物治療。可選用的藥物有：
1.甲硝唑
一般服藥3天糞中原蟲即可轉陰，癥狀逐漸消失。常見毒副作用有口腔金屬味感、惡心、倦怠、嗜睡等。服藥期間應禁酒，孕婦及哺乳期患者禁用。
2.呋喃唑酮。
3.阿苯達唑
是一種很有前途的抗藍氏賈第鞭毛蟲藥物。
4.吡喹酮
本藥治療效果尚待進一步研究確定。
5.其他
國外尚有研究者采用替硝唑、尼莫唑，國內則有苦參浸膏片用于本病治療。
