雖然咳嗽變異性哮喘通常沒有生命危險，但由于咳嗽變異性哮喘可以發展為典型哮喘，且本病可以嚴重影響睡眠、工作和學習，因此應及早診斷并積極進行治療。一旦確診為咳嗽變異性哮喘，應停止應用抗生素或抗病毒藥物，同時應注意避免過敏原的接觸。
1、過敏性咳嗽的藥物治療
（1）吸入糖皮質激素進行抗炎治療為主，吸入糖皮質激素的時間應至少持續3個月，以免復發。臨床常用的為激素和β2受體興奮劑的混合劑如信必可都保、舒利迭。
（2）氣管擴張劑如吸入或口服β2受體興奮劑或/和口服茶堿類藥物，可以暫時緩解咳嗽癥狀，但不建議長期單獨使用。
（3）抗變態反應藥物如左旋西替利嗪、氯雷他定以及肥大細胞穩定劑如Nedocromil、色甘酸鈉等也可以收到良好的效果，但往往需要持續應用2周以上。對于停藥后又反復發作的患者應及時查清過敏原，采取有效的預防手段，必要時給予變應原疫苗治療。
（4）白三烯受體拮抗劑孟魯司特，它與激素被稱為哮喘治療的“雙通道”藥物。
2、過敏性咳嗽的中醫治療
祖國醫學認為主要與“風”、“痰”有關，急性期采用祛風化痰的中藥來疏風、清肺、化痰止咳，緩解期則用補肺健脾方法去除“宿根”，常能取得不錯的效果。