治療阿米巴病的藥物有多種，包括甲硝唑、甲苯磺丁脒、氯喹等。
甲硝唑：這是一種常用的抗阿米巴藥物，可以有效殺滅體內的阿米巴原蟲。它適用于治療腸阿米巴病和阿米巴肝膿腫等疾病。甲硝唑在體內分布廣泛，對腸腔內及組織內滋養體均有強大殺滅作用，且價格較為經濟，因此被廣泛使用。
甲苯磺丁脒：這也是一種有效的抗阿米巴藥物，適用于治療腸阿米巴病。它通過抑制腸道共生菌，影響阿米巴生長繁殖，并對腸腔內的原蟲有接觸殺滅作用。
氯喹：對于阿米巴肝膿腫，如果甲硝唑或甲苯磺丁脒治療效果不佳，可以考慮使用氯喹。氯喹是一種抗瘧藥，也具有抗阿米巴作用，可以殺滅肝內的阿米巴滋養體。