阿米巴病的治療具有兩個基本目標，其一治愈腸內外的侵入性病變；其二，清除腸腔中的包囊。
甲硝咪唑（metronidazole）為治療阿米巴病的首選藥物。另外替硝唑（tindazole）、奧硝唑（ornidazole）和塞克硝唑（secnidazole）似有相同作用。并且臨床根據病變的部位—腸腔、腸壁和腸外病變而異。一般來說，腸腔感染為無癥狀帶包囊者，若為迪斯帕內阿米巴引起無需治療，但是區別溶組織內阿米巴和迪斯帕內阿米巴的方法和技術還未廣泛應用，而且10%的帶包囊者感染有溶組織內阿米巴，所以對無癥狀病例仍建議治療，以防止發展成侵入性或作為感染源。另外，由于阿米巴表面凝集素可刺激免疫性細胞復制，所以，免疫缺陷者感染者無論是致病或不致病均應治療。
對于帶包囊者的治療應選擇那些腸壁不吸收的、低副作用的藥物，例如巴龍霉素（paromomycin, Humantin）或喹碘方（Iodoquinofonum）、安特酰胺（diloxanide）等。有資料提出甲硝咪唑或替硝唑等主要用于組織感染，但常無根治腸腔病原體的作用，故不應用于治療無癥狀帶包囊者。
對于急性或慢性侵入性腸阿米巴病患者甲硝咪唑則是首選藥，其口服幾乎100%吸收，溶組織內阿米巴抗甲硝咪唑的抗性問題尚未成為嚴重的臨床問題，但是對該原蟲已有多種有關藥物抗性基因存在的報告，故值得重視。另外，有報告提示甲硝咪唑對嚙齒類動物有致癌性，孕婦慎用。
腸外阿米巴病，例如肝、肺、腦、皮膚膿腫的治療亦以甲硝咪唑為主，氯喹亦為一有效藥物。若肝膿腫在藥物治療后3天，癥狀并無減輕；左葉膿腫有穿破入心包的可能；即將破裂的巨大膿腫；欲除外細菌性肝膿腫；緩解肝壓迫和疼痛癥狀均為進行肝穿刺抽膿的指征，一般往往是藥物化療配以外科穿刺，可以達到較好效果。在某些嚴重病例可以輔以腎上腺皮質激素2天~3天，以減少心臟毒性作用。中藥大蒜素、白頭翁等也有一定作用，但根治也許困難。