1、顱底陷入癥的非手術治療：
顱底凹陷常導致顱后窩和上頸部椎管有效空間縮小，故治療的目的在于給予足夠空間進行減壓術。對于偶然發現的無癥狀者，一般不需要治療，應囑患者防止頭顱部外傷及過度劇烈頭部屈伸。對癥狀輕微而病情穩定者，可以隨訪觀察。
2、顱底陷入癥的手術治療：
一旦出現進行性加重，應手術治療，手術方式主要為枕肌下減壓術。但必須指出，癥狀輕微患者即使影像學發現畸形也不宜手術。目前手術指證為：
①有延髓和上頸髓受壓表現者。
②有小腦征癥狀及頸神經癥狀，并呈進行性加重者。
③有頸神經根受累和伴有脊髓空洞者。
④有腦脊液循環障礙或顱內壓增高者。
⑤伴有顱后窩腫瘤或蛛網膜囊腫者。