對于易發生醫源性穿孔的操作，術前要嚴格禁食，常規應用抗生素有助于改善其預后，診斷一經確立，要立即采取措施，根據不同的基本情況采取內科保守治療、內鏡治療或者手術治療。
1.內鏡治療
對于穿孔較小，出血量不大以及周圍無明顯感染者首選內鏡治療，對食管癌慢性穿孔并發支氣管瘺者應當選用帶膜金屬支架。
2.內科保守治療
適用于癥狀較輕，繼發感染不明顯或者單純性穿孔者，內科治療時要注意嚴密觀察生命體征、嚴格禁食，靜脈應用抗生素特別是第三代頭孢菌素和新型氨基甙類抗生素、應用強效H2受體拮抗藥（如法莫替丁、雷尼替丁等）或質子泵型抑酸劑（奧美拉唑、泮托拉唑等）、腸道外營養，鼻胃管引流有一定的幫助，要注意適當應用止吐藥防止穿孔周圍繼發感染，對于伴有胸腔積液者應在B超引導下穿刺引流。隨著抗生素及全胃腸外營養療法的進展，可選擇保守治療的條件比以前更寬，如下述情況：
（1）新近發生的穿孔或食管壁外周被包裹者。
（2）食管穿孔被充分地包裹在縱隔內或在縱隔和壁層胸膜之間，沒有造影劑漏入鄰近的體腔。
（3）孔后的液體被充分地引流回食管中，僅伴有輕微的胸膜感染。
（4）在穿孔發生后至就診時未進食。
（5）穿孔部位無外傷，近端無梗阻性病變。
（6）患者無明顯的臨床癥狀。
（7）無明顯的敗血癥癥狀和明顯的生理學改變。