高原紅細胞增多癥的根本原因是由組織缺氧引起的紅細胞增生過度。因此，最有效的治療方法是脫離低氧環境。依據其發病機制，基本治療原則是：
1.改善缺氧
（1）間歇吸氧可使用鼻導管或面罩低流量吸氧。對輕型患者吸氧可明顯減輕癥狀，但對重型患者因機體的氧運輸能力嚴重受損，單純吸氧并不能改善癥狀，吸氧的同時需給予藥物治療。
（2）高壓氧治療高壓氧可增加動脈血氧含量，提高血氧飽和度，糾正酸中毒，改善臨床癥狀。并有研究證實高壓氧可使紅細胞生成受抑制，脆性增加，使紅細胞和血紅蛋白明顯減少，從而打斷紅細胞因缺氧而過度增生的惡性循環。
2.高原紅細胞增多癥的放血療法
若血紅蛋白計數>250g/L，血細胞比容>70%時，并且有血管栓塞或腦缺血先兆者可考慮放血治療。放血后應輸入生理鹽水，右旋糖酐或血漿。本療法僅在短期內改善癥狀，并對預防各種繼發病有效，故只用于重型患者。
3.抗凝和溶栓
嚴重患者因紅細胞增生過度，血液呈高凝狀態，因而易導致血栓形成或血管內凝血。故酌情進行抗凝溶栓治療。
4.中藥
中醫中藥治療各類慢性高原病是我國特有的優勢，用中醫治療高紅癥，也取得了良好的效果。根據中醫辨證，本癥以血淤氣滯為主癥，治療以活血化淤，尤以行氣活絡為主。
5.高原紅細胞增多癥的其他治療
（1）己烯雌酚在國外應用較多。它可抑制促紅細胞生成素，降低血紅蛋白，對高紅癥有一定的療效。但長期大劑量應用，可導致乳房增大，性功能減退，骨關節疼痛等不良反應，現已不主張單獨使用。
（2）休息減輕勞動強度，避免劇烈的體力活動，保證休息時間，特別是保證夜間睡眠時間，改善睡眠環境，提高睡眠質量。
（3）調整飲食多食水果和新鮮蔬菜，補充各類維生素，禁止吸煙和飲酒。