病原體侵入人泌尿生殖系后,黏附到黏膜細胞表面定位繁殖,可穿入上皮細胞,支原體的致病力低,除產生神經毒素外,不產生劇烈的外毒素,它對細胞與器官的傷害,可能與其分泌有毒代謝產物有關。
病理改變與細菌性所致者相似,解脲脲原體圍生期感染最易受累的臟器為胎盤組織,絨毛膜羊膜,胎兒和新生兒肺,腦基本的病理所見為急慢性炎癥性病變。