1.腎結核
病程遷延數年以上，有腰痛，低熱，膿尿，血尿及膀胱刺激癥狀，與腎放線菌病癥狀相似，但多有肺結核病史，有明顯尿頻及終末血尿，血沉增快，連續尿沉渣涂片抗酸染色可發現抗酸桿菌，無放線菌集落形成的“硫黃顆粒”，尿路造影可見腎盞邊緣模糊，腎盞，腎盂擴張或不顯影，有時可有典型的攣縮膀胱以及對側腎積水表現，膀胱鏡檢查可見結核結節或淺表性黏膜潰瘍，活檢可發現結核桿菌。
2.慢性腎盂腎炎
也表現為反復的尿頻，尿急，膿尿，血尿，腰痛，發熱癥狀，尿液檢查有蛋白及膿細胞，尿路造影可發現腎盂，腎盞變形及腎實質萎縮，與腎放線菌病癥狀有相似之處，但本病有明顯的慢性腎功能不全表現，尿液檢查無“硫黃顆粒”，中段尿細菌培養陽性，X線檢查表現為腎臟縮小，腎邊緣不規則，腎盂腎盞不規則變形，扭曲。
3.腎周圍炎和腎周圍膿腫
有時也表現為發熱，腰痛，伴消瘦，乏力，與慢性化膿性病變相似，但腎周圍炎和腎周圍膿腫患者有腰椎向患側彎曲，肢體活動受限，腎區叩痛極為明顯，CT可以顯示腎周有低密度的腫塊，腎內腎盂腎盞可正常，膿腫穿刺抽出膿液中無“硫黃顆粒”。
4.膿腎
慢性病程型主要表現為反復發作的腰痛，常伴盜汗，貧血和消瘦，與慢性化膿性病變相似，但膿腎患者尿液常規檢查有大量膿細胞，尿液培養陽性而無“硫黃顆粒”。
5.腎腫瘤
有時可表現為低熱，消瘦，乏力等慢性消耗性表現，體格檢查時可捫及腎臟腫塊，尿路造影可見腎盂，腎盞受壓，變形，與本病增殖型病變所致者極為相似，但有間歇性無痛性肉眼血尿，明顯腰痛，腎區觸及進行性增大之腫塊，腎動脈造影可見迂曲而不規則的腫瘤血管，B超檢查，CT，MRI檢查均提示腫瘤影像。
6.陰莖梅毒(硬下疳)
陰莖頭潰瘍很難與本病鑒別，但本病多有性病接觸史，潰瘍滲出液作暗視野檢查，可查得梅毒螺旋體，血清熒光抗體暗視野呈陽性反應。
7.滴蟲性膀胱炎
也表現為反復的尿頻，尿急，膿尿伴有血尿，但患者尿道分泌物及尿液中可找到滴蟲，找不到“硫黃顆粒”。
8.慢性膀胱炎
也表現為反復的尿頻，尿急，膿尿伴有血尿，但尿常規檢查有白細胞，中段尿細菌培養陽性，尿中沒有“硫黃顆粒”，膀胱鏡檢查膀胱內雖有炎癥改變，但活組織檢查找不到顆粒狀菌落。
9.膀胱結核
也表現為反復的尿頻，尿急，膿尿伴有血尿，但同時有肺結核和腎結核病史，尿沉渣涂片抗酸染色可發現抗酸桿菌，但尿液中無“硫黃顆粒”，IVU可見腎積水和腎實質破壞性改變，膀胱鏡檢查可見結核結節或淺表性黏膜潰瘍，活檢可發現結核桿菌，可與之鑒別。