本病主要并發癥包括輸尿管梗阻引起的上尿路積水,感染和結石以及膀胱攣縮和生殖系統病變。血吸蟲卵可以隨著血液循環系統進入腦和脊髓產生異位損害,可并發嚴重的神經系統并發癥;經側支循環進入肺的蟲卵可并發肺動脈炎,甚至肺源性心臟病。