原因不明、機制不清的尿結石稱為原發性尿石。
代謝性尿石，這類結石最為多見，是由于體內或腎內代謝紊亂而引起，如甲狀腺功能亢進、特發性尿鈣癥引起尿鈣增高、痛風的尿酸排泄增加、腎小管酸中毒時磷酸鹽大量增加等。基形成的結石多為尿酸鹽、碳酸鹽、胱氨酸黃嘌呤結石。
繼發性或感染性結石。主要為泌尿系統的細菌感染，特別是能分解尿素的細菌和變形桿菌可將尿素分解為游離氨使尿液堿化，促使磷酸鹽、碳酸鹽以菌團或膿塊為核心而形成結石。此外結石的形成與種族（黑人發病少）、遺傳（胱氨酸石遺傳趨勢）、性別、年齡、地理環境、飲食習慣、營養狀況以及尿路本身疾患如尿路狹窄、前列腺增生等均有關系。