一般的生物材料不能穿透細胞膜，只有當細胞被固定后，細胞膜被破壞，染料才能進入細胞內部。但是，有一些染料（稱“活體染料”）卻能進入活細胞，它們是一些無毒或毒性很小的染色劑，能使細胞中某些特定結構著色。活體染料基本上不影響或很少影響細胞的生命活動。活體染料多為堿性染料，如中性紅、健那綠、次甲基藍、甲苯胺藍、亮焦油紫等，它們解離后帶正電，其中有的染料與胞內某些結構有專一性接合。例如，中性紅染液泡系，健那綠染線粒體。
