子宮頸的治療方式取決于活檢發現的細胞異常的程度，以及醫生的經驗及病人的意愿。通常推薦使用以下方法：單一觀察、冷凍治療、LEEP（電外科切除）、激光灼燒以及錐形切除術。
①低度HPV子宮頸改變（CIN 1，輕度不典型增生）
不治療或單一觀察：生殖道疣及低度子宮頸改變通常能夠自愈。據估計50%～70%的這類病變會自發性消退。非治療性隨訪包括每隔6個月的Pap，可伴或不伴陰道鏡檢查。由于持續的病變容易進展為高度不典型增生，如果在2年以上的隨訪中低度病變仍未消失時需要進行治療。
冷凍治療：現在CIN有多種治療方法，包括冷凍治療，激光燒灼、LEEP，這些方法的失敗率為5%～15%。冷凍治療對不適合其它方式的非嚴重病人的治療效果與激光及LEEP相當，但對情況差的病人通常療效不佳。當需要治療時，無論是由于醫生或病人意愿，還是由于超過2年隨訪病變持續，冷凍治療都是最常用的治療CIN
1的方法。冷凍治療的優點在于可靠、操作簡單、并發癥少、價格低廉，能夠在不摧毀細胞的情況下殘留大量的死亡HPV而增加機體對HPV的免疫反應。其缺點和激光一樣，燒灼的方法不能得到組織樣本，有可能會漏診腫瘤。儀器、操作及術后情況如下：
儀器：冷凍治療使用冷凍的方法破壞病變及轉化帶細胞。儀器簡單價廉，易于操作和維護。它包括一個N2O筒，能夠在冷凍探頭尖產生非常低的溫度。
操作：手術最好預約在末次月經后的月經周期的前半部分。手術會產生輕到中度的下腹壓痛及燒灼感，最好能在術前1小時服用布洛芬等非甾體炎類抗炎藥來減少絞痛的出現。一般在-65℃～-85℃下對4～5mm范圍之內的子宮頸進行冷凍。有的臨床醫生選擇持續5分鐘冷凍，有的醫生選擇先冷凍子宮頸2～3分鐘，間隔5分鐘后再冷凍2～3分鐘。
說明及手術并發癥：病人只會在下腹部有輕到中度的壓痛或燒灼感，通常出現在兩步燒灼法的第一步，當宮頸復溫時會出現臉部潮紅，可能伴有短暫絞痛。術后常見迷走神經反應（眩暈感），最好能平躺幾分鐘至臉部潮紅及眩暈感消失。
由于去除了平時起到抑制作用的皮膚保護性表皮層，陰道可能會幾乎立即出現潮濕的排出物。排出物每天需要2～6張墊子，持續1～4周，一般最初幾天稀薄，含水量多，有時呈粉紅色；然后呈黃色，數量減少，黏稠而有氣味。
感染只會在1%～3%病例中出現，但在高危STDs人群中比例升高。一些醫生在術前篩查衣原體感染以降低術后盆腔炎的發生率。如果出現以下情況病人應求助于醫生：持續下腹痛、發熱超100華氏度、嚴重的出血。有氣味的排出物及輕度的術后絞痛通常并非感染引起。
如果排出物很多可能會丟失大量體液，這可以通過多喝水來補償；同樣，排出物導致的鉀丟失可以通過藥物或每天一個香蕉來補充。2～3周內不應在陰道內置入任何物品。
冷凍治療在宮頸處的結痂可能會因為不恰當的壓力排出，在2周內應該避免性交以及月經栓或其它物品進入陰道。
冷凍后隨訪：4～6周內子宮頸外觀會恢復正常，但顯微鏡下改變仍然存在，痊愈需要4個月甚至更長的時間，因此在冷凍后4～6個月內最好不要重復Pap。隨訪的重要性在于確定異常消失，大多數醫生會建議在恢復常規每年1次的Pap前進行2～3次間隔期為4～6個月的Pap。在冷凍治療后最初2年，得到3～4次正常Pap非常重要，能夠最大程度說明子宮頸是正常的。任何治療子宮頸HPV改變的婦女此后都應該繼續每年1次的Pap。
術后首次隨訪Pap易出現干擾性Pap，最常見的異常Pap有ASCUS，明顯的非典型增生伴LSIL等。除了出現侵襲性腫瘤外，都不必對冷凍治療后的異常Pap過度緊張。許多婦女常為了可以自愈的改變每隔4個月去做不必要的燒灼或切除術。
有證據表明冰凍能夠提高局部免疫力，所以即使是持續的HPV病變在一段時間后也會被免疫抑制。
②高度病變的治療（CIN 2或3，中度或嚴重不典型增生，原位癌）
高度不典型增生被認為有很高的癌變風險。CIN 2或3的治療選擇依據有包括病變在子宮頸內管出現與否以及宮頸病變的大小和部位。
病變是否在宮頸內管出現：這通常取決于子宮頸內管刮片（ECC）是否發現病變。冷凍治療，LEEP或激光燒灼所治療的門診病人有可能在ECC陰性、在宮內3～4mm范圍未發現病變、而且Pap活檢結果及陰道鏡檢查都排除子宮頸癌或腺體不典型增生（原位腺癌）的情況下診斷為高度CIN。方法的選擇部分取決于醫生的經驗及子宮頸病變的大小。
子宮頸病變的尺寸及部位：通常覆蓋1/2以上的宮頸病變冷凍治療的治愈率低于LEEP及激光。無論是低度還是高度的僅覆蓋1/2宮頸或更少的病變可以選擇以上任一種治療，其效果相當。
CIN 2或3的冷凍治療：連續冷凍對CIN的治療經濟有效，尤其是病變較小的CIN 1或2。操作如前文所述。
電套圈外科切除術（LEEP）：LEEP是治療宮頸內管及高度（CIN
3）病變的主要方法。LEEP使用一個通電的細鋼絲套圈來作為切除工具，其優點在于醫生能夠在切除時看到病變，能夠得到組織標本，以便病理學家能夠評估及確認病變完全切除及治療充分。相對低的費用及診室就可以進行操作的優勢使得大部分人不必要到醫院進行子宮頸錐形切除術。
操作：與冷凍凍相似，手術的時間最好選擇在末次月經結束后的月經周期的前半部分，時間限制不是很嚴格，必要時遲一些也沒有關系。首先使用窺器暴露子宮頸，通常還會使用陰道鏡對子宮頸再評估。子宮頸處注射少量麻醉劑以減輕手術可能造成的不適。注射基本上是沒有感覺的。子宮頸失去感受后給鋼絲圈通電，醫生迅速（只需要幾秒）將鋼絲圈通過子宮頸，去除異常細胞。若術前進行了活檢，需要在子宮頸處放置藥物防止出血。手術沒有或只有輕微不適感，有的婦女會有術后1～2天輕到中度絞痛，其它婦女感覺完全正常。
并發癥：許多研究表明并發癥發生率很低。LEEP術后出血至需要臨床關注的占1%～3%。感染可能性更低，為1%～2%而且局限于子宮頸管開口部位。對陰道壁或其它部位的電損傷是可以完全避免的。一次的LEEP不會導致不育或早產，但疾病反復時進行2次或更多LEEP可能會增加這種風險。
LEEP后指導：LEEP在子宮頸處結痂可能會因為子宮頸處不當壓力而排出。所以在3周內應避免性交或月經栓等任何物品進入陰道。第1周內不宜抬舉重物及進行劇烈運動，以便減少術后明顯出血的風險。
有時LEEP術后會出現約1周的鮮紅出血。如果出血程度較嚴重，病人應尋找醫生的幫助。如出血非常嚴重，如1小時內浸潤1張大墊，病人應立即到最近的急診室求助。
子宮頸處放置的止血藥物可能會在術后第1周產生深棕色或黑色排泄物，這是正常的，不必驚恐。
LEEP術后感染很少見，僅在1%～3%人中出現，其癥狀包括下腹痛，多伴100華氏度發熱。有這樣癥狀者應立即看醫生。
冷凍治療后雖宮頸在6至8周內顯示正常，但由于痊愈需要4個月或以上的時間，Pap若太早進行會得到假陽性的異常結果。同樣，LEEP術后至少4個月后才能進行Pap檢查。隨訪對于確信不再存在異常非常重要，5%～15%病人LEEP后仍有異常細胞改變。病人有必要進行2或3次以上的重復Pap，間隔為6個月。術后最初2年需要得到至少3～4次正常Pap才能恢復到每年1次Pap。這能夠最大保證子宮頸保持正常狀態。
激光燒灼：LEEP出現前通常選擇激光治療大面積病變、高度病變（CIN
3）以及侵入宮頸管內的病變，激光還是冷凍治療失敗后的主要選擇。雖然LEEP對大面積病變也有效，激光亦是對大面積病變治療上有優勢，尤其是病變向子宮頸-陰道交界處擴張的時候。但提供激光手術的場所不多，治療也昂貴，實際上LEEP在治療大面積病變時也取代了激光。激光治療昂貴原因在于需要貴重儀器，維護也耗資高。而且激光需要更有經驗、技術好的操作者，需要非常注意安全問題的防護，如眼睛損傷及不慎燒傷。價格高及易過度去除子宮頸組織是其主要缺點。
冷刀錐形切除術：冷刀錐形切除是醫生使用手術刀切除出現異常細胞的部分子宮頸方法，通常在醫院的門診手術室進行，病人需要全身麻醉。僅有很少數的病人出現病變深入子宮頸管，不能使用LEEP切除病變，以及擔心子宮頸管存在腺體病變的情況下才需要進行錐形切除術。