線粒體膜電位（MMP）：
使用幾種染料中的其中一種就可以檢測到細胞在凋亡過程中MMP的降低，如雙氰基-雙己氧基羰基靛藍，它能夠隱藏在活細胞的線粒體內。當MMP體系崩潰時，細胞的熒光就會減少。
磷脂酰絲氨酸（PS）在細胞表面的分布情況：
PS一般分布在質膜的內側上。在細胞凋亡過程中，PS殘余物會曝露在細胞表面。這種變化可以通過復合蛋白鈣依賴的磷脂結合蛋白V與PS結合來進行檢測。所使用的細胞必須是未經修復的，因為鈣低速的磷脂結合蛋白V不能到達完整細胞的內部。PI常被用來加到二次壞死細胞中來進行鑒別。
DNA消化：
在最新的細胞凋亡的一系列反應過程中，一種特異的內切核酸酶能夠將染色體這間的連接點打斷，形成大量的小片段，這些小的片段是一些低聚體，其大小約為180bp。可以通過以下兩種方法對DNA鏈的斷裂進行檢測：觀察DNA柱狀圖的sub-G1頂點；用脫氧核糖核苷末端轉移酶對DNA鏈的斷口進行標記（TUNEL檢測）。
Sub-G1點：
如果細胞在乙醇中固定，隨后再水合時，一部分低分子量的DNA會被濾掉，以降低DNA的含量。這些細胞會在DNA柱狀圖中作為獨立的峰被觀察到。
TUNEL檢測：
DNA鏈的斷裂末端可以通過酶標記作用進行標記。在70%乙醇中固定之前，細胞在1%多聚甲醛中固定以將小的DNA片段結合到細胞中去，然后和Tdt以及一種已標記的核苷一起進行培育。所用的這些核苷包括：地高辛－dUTP，用經FITC標記的抗地高辛配基進行檢測；生物素－dUTP，用經FITC標記的抗生素蛋白進行檢測；溴－dUTP，用抗BrdUrd的FITC進行檢測。
在加入PI標記DNA后，綠（FITC）與紅（PI）相對的熒光能夠進行記錄。凋亡的細胞會發出綠色的熒光，經染色過的DNA表明從凋亡的細胞中的細胞循環間隔會被誘導產生。
細胞生長及死亡：
組織的發育和腫瘤的生長在細胞分裂和死亡的平衡是同樣的。在許多細胞動力學研究中，它們具有同樣重要的地位。細胞儀和部分多功能流式細胞儀在程序上給予新的視覺。
細胞生長：
細胞增殖可以通過研究來進行檢測：細胞周期；細胞通過細胞周期的運動率；細胞周期相關蛋白；長期標記物的稀釋
DNA圖示：
細胞通過用DNA結合染料進行染色，如PI。DNA圖示：能夠作出對細胞在細胞周期G1/G2，S和G2/M階段的產量的評估；不能很好地提供有關細胞通過細胞周期的運動信息；能夠較易地進行免疫熒光結合染色；應一直作為很多研究領域中的首選檢測方法。
細胞周期中的細胞運動率：
這里提供兩種常用的檢測方法：在細胞用BrdUrd和PI標記的抗體標記后，再經溴代脫氧尿苷（BrdUrd）進行脈沖標記。接著用Hoechst 332588、PI和二苯甲酰胺標記DNA方法用BrdUrd對細胞進行標記。
用BrdUrd進行脈沖標記：
經脈沖標記后，細胞在S期就包含有BrdUrd。通過細胞周期的細胞運動可以通過以下方法進行檢測。分析方法如下：動態的，在那些細胞周期進程中可以觀測得到；更復雜，因為在和抗體一起培育之前必須將DNA變性；因而很難結合另外的抗體標記；可以用來對動物腫瘤進行細胞動力學研究。
BrdUrd/Hoechst/PI法：
在紫外線的激發下，結合到DNA上的Hoechst 332588會發出藍色的熒光。這種染料會優先結合到DNA上的富AT區域，它的熒光會被BrdUrd淬滅。PI散發出的熒光可以幫助鑒別細胞周期的各個階段；藍色熒光可以檢測BrdUrd在細胞中的含量以及其在S期中存在的時間。這種方法是：動態的；簡化的；需紫外儀，但并不適用于所有的流式細胞儀；在需要兩種激光的情況下，很難與免疫熒光染料結合。
細胞周期相關蛋白：
在細胞周期過程中，有幾種蛋白質家庭對細胞周期的進程進行控制。如果有一個合適的抗體存在時，它們的細胞周期分布將能夠被檢測出來。
穩定標記物的梯度變化：
這里有幾種熒光復合物可以對細胞蛋白進行穩定的標記，如雙乙酸基羰基熒光素，琥珀脂。當細胞分裂時，標記物會被分配到兩個子細胞中去。一些細胞如淋巴細胞會精密地分配標記物。目前只能追蹤到大約5次的細胞分裂。人工培養的細胞通常會對標記物有一個寬的分配和對分裂的細胞個體之間加以區別以做便更好地定義。這種方法不能對細胞周期的間期進程提供更多的信息。
壞死：
壞死通常被定義為細胞膜的完整性的破壞。一些結合有染料的DNA會被活細胞釋放出來，但卻會被死細胞吸收。另外的染料會被活細胞所保留但在死細胞中會丟失，如羰基熒光素。因此，染料的結合常被用來檢測死細胞的數量。
凋亡：
流式細胞儀可以追蹤細胞在調亡過程的一系列反應過程中的許多不同的組分。一些部分重要的檢測會在下面被提及。