一.開機程序
1.檢查穩壓器電源，打開電源，穩定5分鐘。 2.打開儲液箱，倒掉廢液，并在廢液桶中加入400ml漂白水原液。打開壓力閥，取出鞘液桶，將鞘液桶加至4/5滿(一般可用三蒸水，做分選必須用PBS 或FACSFlow)，合上壓力閥。確實蓋緊桶蓋，檢查所有管路是否妥善安置。 3.將FACSCalibur開關打開，此時儀器功能控制鈕的顯示應是STANDBY，預熱5～10分鐘。排出過濾器內的氣泡。 4.如果需要打印，打開打印機電源。 5.打開電腦，等待屏幕顯示出標準的蘋果標志。 6.執行儀器PRIME功能一次，以排除Flowcell中的氣泡。 7.分析樣品時，先用FACAFlow或PBS進行HIGHRUN約2分鐘。
做過分選后，每次開機后需沖洗管道：向分選裝置上裝上兩個50ml離心管，不接通濃縮系統，摁下右下角白色按鈕開始沖洗。待自動停止后接通濃縮裝置，同上法沖洗一次。
二.預設獲取模式文件(AcquisitionTemplateFiles)
1.從蘋果標志中選擇Cell Quest見一個新視窗，可利用此視窗編輯一個獲取模式文件。 2.選取屏幕左列繪圖工具中的Dotplot，繪出一個或多個DotPlots(點圖)。從DotPlot對話框中選取Acquisition作為圖形資料來源，并確定適當的x軸和y軸參數。 3.選取屏幕左列繪圖工具中的Histogram，同上法可繪出Histogram(直方圖)。 4.將此視窗命名后儲存于FACStationG3BDApplicationsCELLQuestFolderEXP文件夾中，下次進行相同實驗時可直接調用。
本計算機中已設定兩個模式文件：ACQ和EXP，儲存于FACStationG3BDApplicationsCellQuestEXP文件夾中，ACQ用于細胞DNA檢測，EXP用于細胞表面標志分析。
三.用Cell Quest進行儀器的設定和調整
1.從蘋果畫面中選取CELLQuest，進入CELLQuest后在File指令欄中打開合適的獲取模式文件。 2.從屏幕上方Acquire指令欄中，選取ConnecttoCytometer(快捷鍵：+B)進行電腦和儀器的連機。將出現的AcquisitonControl對話框移至合適位置。 3.從Cytometer指令欄中，開啟Detectors/Amps、Threshold、Compensation、Status等四個對話框，并將它們移至屏幕右方，以便獲取數據時隨時調整獲取條件。也可以用+1，2，3，4獲得此四個對話框。 4.在Detectors/Amps對話框中，先為每個參數選擇適當的倍增模式(amplifiermode)：線性模式Lin或對數模式Log。一般進行細胞表面抗原 分析如分析外周血的淋巴細胞亞群時，FSC和SSC多以線性模式Lin測量，且DDMParam選擇FL2，而FL1，FL2與FL3則以對數模式Log測量;分析細胞DNA含量時，FSC，SSC，FL1，FL2，FL3皆以Lin進行測量，且DDMParam選擇FL2;分析血小板表型時，FSC，SSC，FL1，FL2，FL3等均以Log進行測量。