經特異 熒光染色的細胞需要合適的光源照射激發才能發出熒光供收集檢測。常用的光源有弧光燈和激光；激光器又以 氬離子激光器為普遍，也有配和 氪離子激光器或染料激光器。光源的選擇主要根據被激發物質的激發光譜而定。汞燈是最常用的弧光燈，其發射光譜大部分集中于300～400nm，很適合需要用紫外光激發的場合。 氬離子激光器的發射 光譜中，綠光514nm和藍光488nm的譜線最強，約占總光強的80%； 氪離子激光器光譜多集中在 可見光部分，以647nm較強。免疫學上使用的一些 熒光染料激發光 波長在550nm以上，可使用染料激光器。將有機染料做為激光器泵浦的一種成份，可使原激光器的 光譜發生改變以適應需要即構成染料激光器。例如用 氬離子激光器的綠光泵浦含有Rhodamine6G水溶液的染料激光器,則可得到550～650nm連續可調的激光，尤在590nm處 轉換效率最高，約可占到一半。為使細胞得到均勻照射，并提高 分辨率，照射到細胞上的激光光斑直徑應和細胞直徑相近。因此需將激光光束經 透鏡會聚。光斑直徑d可由下式確定：d=4λf/πD。λ為激光 波長；f為 透鏡焦距；D為激光束直徑。 色散棱鏡用來選擇激光的 波長，調整反射鏡的角度使調諧到所需要的 波長λ。為了進一步使檢測的發射 熒光更強，并提高熒光訊號的信噪比，在 光路中還使用了多種濾片。帶阻或帶通濾片是有選擇性地使某一濾長區段的 光線濾除或通過。例如使用525nm帶通濾片只允許FITC（Fluoresceinisothiocyanate,異 硫氰 熒光素）發射的525nm綠光通過。長波通過 二向色性反射鏡只允許某一 波長以上的 光線通過而將此波長以下的另一特定波長的光線反射。在免疫分析中常要同時探測兩種以上的波長的 熒光信號，就采用 二向色性反射鏡，或二向色性分光器，來有效地將各種熒光分開。