隨著流式細胞術的發展，流式細胞儀越來越多的使用在環境相關的研究及檢測中。相對于傳統的平板法與顯微計數法，流式細胞術具有快速、靈敏、精確并能進行多參數分析的特點，且在后期使用成本上具有一定的優勢。
自 1993 年流式細胞儀首次運用于活性污泥中微生物群落結構分析以來，該技術逐漸成為空氣、土壤、水等環境中微生物學研究中的一項重要工具。Joachimsthal 等 [1] 對新加坡港的壓艙水進行了細菌總數、腸道菌數、弧菌數和大腸桿菌數的檢測，可以為壓艙水的污染狀況提供大量信息。
Yamaguchi 等 [2] 使用 FCM 分別對未污染和污染河水中細菌的呼吸活性和酯酶活性進行了檢測，結果發現，菌體酯酶活性對污染狀況更敏感，有酯酶活性的細菌比例與河水污染程度呈正相關，可以此作為評估環境水污染的指標。
浮游生物也是造成水質破壞的一大因素，它們常可引起「水花」。所幸，流式細胞儀也可用于浮游生物的檢測。2012 年，Quan Zhou 等 [3] 利用流式細胞術對太湖湖底沉積物中的微胞藻屬菌體計數，并對微胞藻聚集體進行了群落分析，表明流式細胞儀可以高效監測微胞藻屬的群落變化，具有高度適用性。
貝克曼庫爾特公司新推出的 CytoFLEX 流式細胞儀以其強大的性能，靈活的配置，小巧的機身，適用于多種流式應用。CytoFLEX 穩定的快速進入工作狀態的高功率激光、快速的檢測速度、最高 3 激光 21 色的配置、VSSC 小顆粒檢測套件、小巧便捷的機身、極低的功耗，使 CytoFLEX 成為目前為止最適用于環境監測的流式細胞儀。
CytoFLEX 應用實例：
1. 細菌計數：
2. 細菌死活確定：
3. 藍藻計數：
4. 細菌周期倍體檢測：
5. 藻類分類計數：
[1] Joachimsthal EL, Ivanov V, Tay ST, et al. Bacteriological examination of ballast water in Singapore Harbour by flow cytometry with FISH[J]. Marine Pollution Bulletin, 2004, 49(4): 334-343.
[2] Yamaguchi N, Nasu M. Flow cytometric analysis of bacterial respiratory and enzymatic activity in the natural aquatic environment[J]. Journal of Applied Microbiology, 1997, 83(1): 43-52.
[3] Zhou Q, Chen W, Zhang HY, et al. A flow cytometer based protocol for quantitative analysis of bloom-forming cyanobacteria (Microcystis) in lake sediments[J]. Journal of Environmental Sciences,2012, 24(9): 1709-1716.