防蚊、滅蚊和易感人群的預防接種是預防本病的關鍵。尚無有效的藥物可以治療流行性乙型腦炎。
防蚊、滅蚊和動物接種
通過清除蚊蟲孳生場所，開展宣傳教育，改善環境衛生條件等方式控制蚊蟲等傳播媒介的數量。由于流行性乙型腦炎病毒的傳播主要是在蚊—豬循環中進行，人是偶發感染宿主。所以在流行季節前，通過提前對豬等家畜進行疫苗接種，中止病毒的自然傳播循環，可有效降低人群的發病率。
預防接種
中國主要使用由地鼠腎細胞培養制備的流行性乙型腦炎病毒P3株滅活疫苗。通常在病毒感染開始流行前1個月進行疫苗接種，重點接種對象是10歲以下兒童和來自非流行區的易感人群；主要采用皮下注射2次（間隔7～10天），次年加強注射1次的方式進行；預防接種后人群保護率可以達到76%～90%。但是，由于死疫苗誘導產生抗體的持續時間短、需要多次接種等缺點，減毒活疫苗的研究受到重視。主要根據病毒吸附和形成蝕斑能力的差異來選育有效的減毒活疫苗，中國已經選育出的SA14-14-2和SA14-2-8株減毒活疫苗，對易感人群以及豬和馬等家畜進行免疫接種后的抗體陽性率可達到90%以上，并且抗體產生的持續時間較長。