（一）中毒性菌痢：與乙腦流行季節相同，多見于夏秋季，但起病比乙腦更急，多在發病一天內出現高熱、抽搐、休克或昏迷等。乙腦除暴發型外，很少出現休克。可用1%～2%鹽水灌腸，如有膿性或膿血便，即可確診。
（二）化膿性腦膜炎：病情發展迅速，重癥患者在發病1～2天內即進入昏迷，腦膜刺激征顯著，皮膚常有瘀點。腦脊液混濁，中性粒細胞占90%以上，涂片和培養可發現致病菌。周圍血象白細胞計數明顯增高，可達2萬～3萬/mm3，中性粒細胞多在90%以上。如為流腦則有季節性特點。早期不典型病例，不易與乙腦鑒別，需密切觀察病情和復查腦脊液。
（三）結核性腦膜炎 ：無季節性，起病緩慢，病程長，有結核病史。腦脊液中糖與氯化物均降低，薄膜涂片或培養可找到結核桿菌。X光胸部攝片、眼底檢查和結核菌素試驗有助于診斷。
（四）其他：如脊髓灰質炎、腮腺炎腦炎和其他病毒性腦炎，中暑和惡性瘧疾等，亦應與乙腦鑒別。