醫生通常通過流行病學史、患者癥狀及病原學檢查結果進行診斷。
1、臨床診斷
有流行病學史（發病前7天內在無有效個人防護的情況下與疑似或確認的流感患者有密切接觸，或屬于流感樣病例聚集發病者之一，或有明確的傳染他人的證據）、有典型的流感癥狀表現，同時排除了其他可引發類似表現的疾病。
2、確定診斷
有流感臨床表現，具有以下一種或一種以上檢測結果陽性即可確診流感：
流感病毒核酸檢測陽性；
流感抗原檢測陽性；
流感病毒培養分離陽性；
急性期和恢復期雙份血清的流感病毒特異性IgG抗體水平呈4倍或4倍以上升高。