電磁流量計雖具有上述優良特性，但目前它還有一些不足之處，以致在使用上受到一定限制．主要有如下幾點：
①電磁流量計不能用于測量氣體、蒸氣以及含有大量氣體的液體．
②電磁流量計目前還不能用來測量電導率很低的液體介質，被測液體介質的電導率不能低于10－5（S/cm），相當于蒸餾水的電導率．對石油制品或者有機溶劑等還無能為力。
③由于測量管絕緣襯里材料受溫度的限制，目前工業電磁流量計還不能測量高溫高壓流體。
④電磁流量計受流速分布影響，在軸對稱分布的條件下，流量信號與平均流速成正比．所以，電磁流量計前后也必須有一定長度的前后直管段．
⑤電磁流量計易受外界電磁干擾的影響