1 生物化學技術
食品微生物快速檢測借助了生化科學技術，現在使用最成熟的就是PCR技術。該技術是通過體外酶促反應來產生特異性DNA片段，對其擴增產物分析，鑒別細菌類型。PCR檢驗的靈敏度非常高，可以對細菌進行拷貝基因，短時間就可以檢測完成，不會增菌，所以PCR技術能夠節約很多的檢驗時間，這是現在食品微生物快速檢測的優點所在，該檢驗方式也有一些缺點存在，比如：
1.1 Taq酶會受到食物成分、增菌培養基成分和其他微生物DNA的影響，產生抑制效果，出現假陰性結果；
1.2 操作要求比較高，少量的外源性DNA進入PCR也會產生假陽結果；
1.3 擴增的時候可能會有裝配誤差，影響結果。
2 基因探針技術
基因探針技術的原理是利用目標細胞具有同源性序列的核酸單鏈在適當條件下互補形成穩定的DNAO RNA或DNAD DNA鏈的原理，采用高度特異性基因片段制備基因探針來識別細菌。基因探針降低了基因片段長度多態性需要的分析條數，現在的基因探針系統相對較為成熟，對單個菌落可以進行分離，不過其對于目標菌之外的菌群檢驗效果不是很理想，所以適用范圍并不廣泛。
3 微生物測試片法
微生物測試片是食物微生物快速檢測的有效方式，對菌落大小、數量、大腸菌數量和酵母等進行統計，國際上適用的先進產品還可以對乳桿菌、沙門菌、葡萄球菌等進行檢測。微生物測試片和傳統檢驗具有很好的相性。比如說，大腸菌群快速檢驗紙片可以應用于餐具的檢驗，適用簡單，節省材料，特異性強，敏感性高，在國際上以及作為一種標準的檢驗方式。微生物測試片檢驗在應用的時候，只要技術和判斷標準正確，那么檢驗的效果就非常的理想。在進行食品霉菌檢驗的時候，在36攝氏度環境培養即可，不要求低溫設備，檢驗時間短，2天就可以得到結果，相比現在國家標準縮短了至少3天，因此檢驗的效果獲得了極大的提升。紙片檢驗和國標法的檢出率相差并不大，檢驗方法還簡單，菌落判斷容易。現在還有一種紙片熒光法用藥進行檢驗，是依據細菌所產生的代謝酶或產物來進行快速分析判斷的檢驗方法，在使用時，對食品中大腸菌落、大腸桿菌的酶活性進行檢驗就可以了解菌落超標情況。
4 免疫學技術
免疫學技術應用于食品微生物檢驗主要是依靠抗原以及抗體特異性結合來進行的，在聯合免疫放大技術對細菌進行鑒別。免疫學技術檢驗的優點就是選擇增菌之后，無需分離，就可以進行免疫篩選。因為免疫方法的靈敏度很高，樣品在增菌后，短時間內就有很高的檢出度，抗原和抗體的結合反應也在短時間就完成。比如說免疫磁珠法可以對副溶血性弧菌進行收集、濃縮，讓食品檢驗過程的檢出率提升。使用神膠體金免疫層析法可以對食品中的金黃色葡萄球菌、沙門氏茵進行快速檢驗，操作難度小，不用特殊儀器輔助，可以在現場就完成檢測。現在使用的ATP生物發光法是免疫學技術營養的最佳典范，也是現在食品生產加工設備潔凈度檢測的有效方法。ATP生物發光分析技術對食品細菌污染以及食品器具衛生檢測的效果好，檢驗速度快，結果準確。
5 全自動微生物分析系統(AMS)
AMS是一種由傳統生化反應及微生物檢測技術與現代計算機技術相結合。運用概率最大近似值模型法進行自動微生物檢測的技術，可鑒定由環境、原料及產品中分離的微生物。AMS僅需4 b~1sb即可報告結果，以常規法鑒定細菌，只能得到是或不是某種菌，要想知到是哪種菌還要做大量、煩瑣的生化試驗，而AMS則可以直接報告是什么菌。目前國際上最為先進、自動化程度最高的AMS細菌鑒定儀器，對細菌的鑒定是以每種細菌的微量生化反應為基礎，可鑒定405種細菌。用AMS明顯縮短腸道菌生化鑒定的時間，如鑒定沙門菌屬只需4小時，鑒定志賀氏菌屬只需6小時，鑒定霍亂弧菌等致病性弧菌亦只需4~13個小時的時間。
總而言之，現代食品衛生安全對于社會公民的健康非常重要，也是大家非常關注的一個問題，現在食品安全問題頻發，引起了大家的廣泛討論，我們需要不斷對食品安全檢驗技術進行完善，尋找快速、精準，簡便的檢驗方式，傳統的檢驗方式無法滿足現代的需求，目前興起的基因探針技術以及全自動微生物檢測系統的應用，獲得了非常好的效果，對微生物檢驗方法起到了非常好的改變，提升了該事業的科技水平，因此其未來的發展前景不可限量，我們對食品微生物檢驗方法進行研究分析，也是希望能夠促進該項事業的發展。