激光共聚焦芯片掃描儀工作時，利用激光照射生物芯片激發熒光，熒光收集物鏡收集熒光，通過二色分光鏡，經窄帶濾光片濾光后，匯集在探測針孔上，由光電倍增管探測，最后經電路放大、轉換傳到計算機進行處理，獲取其中包含的生物信息。
激光共聚焦芯片掃描儀采取的掃描方式是：光源固定即光束保持不變、熒光探測器固定、掃描工件臺按一定規律移動的掃描方式。這種掃描方式被稱為物體掃描，其優點是軸線平直，光路穩定，可以實現大面積的掃描。簡言之，就是利用光電倍增管對點像探測結合高速XY掃描實現對生物芯片信息的大量獲取。所以工件臺系統和熒光信號接收系統都很重要。
激光共聚焦芯片掃描儀采用了激光共聚焦光路;光源是兩個激光器，分別用于激發cy3和cy5兩種熒光染料，掃描時可以選擇適當的激光器功率，也可以通過兩個快門選擇激光束;熒光信號探測器光電倍增管(PMT)的增益可選;掃描承片臺可放置25mm×75mm的標準樣片，用戶可定義的掃描面積是22mm×70mm;掃描分辨率是5~100μm;靈敏度是0.2熒光分子/μm2;用戶可以看到芯片掃描圖像(TIFF圖像或BMP圖像)，并可得到以Excel方式輸出圖像數據分析結果;以50μm分辨率掃描全片需要8min。