DNA測序是根據DNA聚合反應（服從堿基互補配對原理）設計出來的，聚合反應需要引物（primer）。所謂引物就是一線性片段（和模版鏈互補），其上帶有能與核苷酸相結合的游離3'-羥基，這個3'-羥基位于引物的3'末端，稱為引物末端。也就是，新鏈中的一部分是早已就位的，而且所有DNA聚合酶只能將核苷酸加在這段已存的鏈上。引物常常是寡聚RNA而不是DNA，當某個地方需要它時，就會有特定的酶來合成它。
