全世界海馬約有354種，大多數分布于熱帶和亞熱帶及溫帶海域，其中70%分布于印度洋太平洋和大西洋。我國海馬的主要種類有6種，其中以日本海馬分布最遍及我國南北各海域；而冠海馬則僅產于渤海和黃海北部；其他種類如大海馬、刺海馬管海馬和三斑海馬，以南海較多，主要分布于廣東海南福建臺灣和廣西等省自治區沿海一帶。
冠海馬：黃海、渤海、秦皇島沿海、塘沽外海、黃河三角洲。
刺海馬：東海、南海、臺灣、福鼎外海、澎湖外海、高雄外海、陵水外海。
日本海馬：南海、東海、黃渤海、北海沿海、澎湖沿岸、大陳島沿岸、廈門沿海、青島沿海、平潭島沿岸、陽江外海、汕尾沿海、秦皇島沿海、大連外海、煙臺外海、屏東外海、營口外海、三亞外海、陵水外海、臺州外海。
管海馬：渤海、東海、南海、臺灣、陵水外海、汕尾外海、廈門外海、陵水河口、蘭嶼外海。
克氏海馬：汕頭外海、高雄外海、瓊海外海。
三斑海馬：陵水外海、東山外海、汕尾外海、廈門外海、高雄外海。