除注意采樣的代表性、均勻性、及時性和完整性外，所采的消毒樣本，還必須考慮使用合適的中和劑。
1、 醫療衛生機構消毒及衛生用品樣本的采集及送檢
1）物體表面消毒采樣：使用 125px×125px 滅菌規格板在消毒處理后 4 小時之內采樣。若被采表面積<2500px2，應采取全部表面；若≥2500px2，則采 2500px2。
2）空氣消毒采樣：采樣時間選擇在消毒處理后與進行醫療活動之前。室內面積≤750px2時，采樣點為一條對角線上內、中、外 3 點；室內面積>750px2，設 4 角及中央 5 點。若用平板沉降法采樣，將滅菌培養基平皿蓋打開，扣放于平皿旁，暴露 15 分鐘，立即蓋好平皿送檢。亦可使用各類自動化采樣器采樣送檢。
2、醫療衛生人員手及皮膚黏膜消毒樣本的采集及送檢
1）手的采樣：一般在接觸患者或健康檢查者、從事醫療衛生活動前采樣。受檢者五指并攏，用浸有含相應中和劑的無菌洗脫液的棉拭子在雙手指屈面由指根到指端往復涂擦 2 次，邊擦邊轉動棉拭子。剪去采樣后棉拭子的操作者手操作觸及部位，棉拭子頭部放入 10ml 含相應無菌中和劑的試管中，立即送檢。
2）皮膚黏膜采樣：以 125px×125px 滅菌規格板放在被檢處，用浸有含相應中和劑的無菌洗脫液的棉拭子 1 支，在規格板內橫豎往返均勻涂擦 5 次，邊涂擦邊轉動棉拭子，采畢剪去棉拭子的操作者手操作觸及部位，棉拭子頭部放入含有 10ml 相應無菌中和劑的試管中，立即送檢。對于不規則的黏膜皮膚可用棉拭子按上述基本要求采樣送檢。
3、醫療用品樣本的采集與送檢
可用破壞性方法進行樣品檢驗者，如一次性使用的無菌輸、注器具均參照《中華人民共和國藥典》2005 年版二部附錄中《無菌檢查法》之規定執行。對不能以破壞性方法進行樣品檢驗者，可用浸有無菌生理鹽水的棉拭子在被檢物品表面涂擦采樣，若可采表面積<2500px2，應采取全部表面；若可采表面積≥2500px2，則采 2500px2。
4、使用中消毒劑與無菌器械保存液樣本的采集與送檢 嚴格執行無菌操作，用無菌吸管吸取 1ml 被檢樣液，加入 9ml 中和劑中混合均勻，立即送檢。