根據培養目的需要選擇適宜的營養物質
由于微生物營養類型復雜，不同微生物有不同的營養要求。因此，要根據不同微生物的營養需求選擇適宜的營養物質，配制針對性強的培養基。
自養微生物有較強的合成能力，能以簡單的無機物如co2和無機鹽合成復雜的細胞物質。因此，培養自養微生物的培養基應由簡單的無機物組成。
異養微生物的合成能力較弱，不能以CO2作為唯一碳源或主要碳源，故應在培養基中至少添加一種有機物。 [1]
注意營養物質的濃度與配比要合適
微生物只有在營養物質濃度及其比例合適時才能良好生長。營養物質濃度過低不能滿足現生長需要，過高又抑制其生長。例如，適量的蔗糖是異養微生物的良好碳源和能源，但高濃度蔗糖則抑制菌體生長。金屬離子是微生物生長所不可缺少的礦質養分，但濃度擴大，尤其是重金屬離子，反而抑制其生長，甚至產生殺菌作用。