液固吸附色譜儀的操作包括裝柱、上樣、洗脫、檢測和收集等步驟。
一、裝柱：
裝柱是液固吸附色譜儀能否成功分離純化物質的關鍵步驟之一。裝柱的主要問題是保證固定相在色譜柱中均勻緊湊，不能有氣泡和裂痕出現。一般色譜柱的直徑與長度比為1：10～1：50，硅膠量是樣品量的30～40倍，具體的選擇要具體分析。
裝柱步驟：
1、關閉色譜柱出水口，裝入1/3柱高的緩沖液，將吸附劑緩慢地倒入柱中。
2、打開出水口，控制適當流速，使吸附劑均勻沉降，并不斷加入吸附劑，吸附劑的多少根據分離樣品的多少而定。注意不能干柱、分層，否則必須重新裝柱。
3、最后使柱中的吸附劑表面平坦，并在表面上留有2～3cm高的緩沖液，同時關閉出水口。
二、上樣：
上樣過程一般要迅速，樣品最好用與洗脫劑相同的溶劑溶解，而且必須將上樣時可能粘附在柱上層的樣品洗到固定相中后，才能再加洗脫劑進行洗脫。
加樣時應緩慢小心地將樣品溶液加到吸附劑表面，盡量避免沖擊吸附劑，以保持吸附劑表面平坦。
上樣方法有濕法和干法。濕法一般用洗脫劑溶解樣品，也可以用二氯甲烷和乙酸乙酯等，溶劑越少越好。
三、洗脫：
洗脫的關鍵是選擇合適的洗脫溶劑，洗脫劑的選擇一般用薄層色譜儀試驗多次后確定。
洗脫方式可分為簡單洗脫、分步洗脫和梯度洗脫。
1、簡單洗脫：
色譜柱始終用同一種溶劑洗脫，直到色譜分離結束為止。
如果被分離組分對吸附劑的親和力差異不大，其譜帶的洗脫時間間隔（或洗脫體積間隔）不長，采用這種方法是適宜的。但選擇的溶劑必須很合適，才能使各組分的分配系數差別較大，否則應采用分步洗脫和梯度洗脫。
2、分步洗脫：
用按洗脫能力遞增順序的幾種洗脫劑進行逐級洗脫，每次用一種洗脫劑將一種組分洗脫下來。
主要用于混合物組成簡單、各組分性質差異較大或需快速分離的場合。
3、梯度洗脫：
梯度是指流動相的濃度、極性、離子強度和pH值等。
當混合物中組分復雜且性質差異較小時，一般采用梯度洗脫。它的洗脫能力是逐步連續增加的。
四、檢測：
采用檢測器對色譜柱流出組分進行檢測。
五、收集：
色譜分離組分在收集之前要進行檢測。
一般的檢測方法是用熒光薄層色譜儀隨時接一滴流出液，吹干溶劑后在紫外燈下看是否有斑點，若有斑點應作為組分收集，直至斑點消失。同樣方法操作直至收集完全部組分。
也可采用等體積收集流出的全部流出液，即用收集瓶以10mL或20mL等體積收集從柱中流出的全部流出液，待整個色譜分離完成后，用測定液體折射率和薄層板顯色等方法確定收集的流出液是否含有組分，然后合并含有相同組分的流出液。