1、可能是還沒有平衡。一般更換色譜柱、流動相之后，系統需要一段時間平衡。大約30-60min左右。有時候系統里面有緩沖鹽，那么平衡時間可能就更長了。等過了那個時間就好了。當然，這是針對等度條件說的。如果是梯度洗脫，那么基線肯定是會有變化的。這個在情理之中的。
2、流動相不干凈。色譜儀器需要用色譜純，如果是反相體系，那么水應該是超純水，如果用到無機鹽，那么需要用0.45um或者0.22um的濾膜過濾才行。如果用的是國產的甲醇乙腈，那就換一下吧。
3、氘燈壽命過長。一般島津的氘燈可以使用2000個小時，但是壽命到了之后它不會壞掉，實驗員也就繼續使用了。但事實上在氘燈到了壽命之后，它檢測樣品的線性就會不好，而且在基線會不穩。這種情況在低波長下尤其明顯。這個解決方法就只能是更換到等了。
4、其他的實驗原因。這個我沒辦法一一給你說明。比如實驗室的溫度不穩定。那么對基線肯定是會有影響的。比如在示差檢測器里面，那么溫度的影響就會相當大。再比如在線脫氣，如果流動相是在線混合，那么基線很有可能不穩定。方法也很簡單，手混過濾就好了。這個需要具體問題具體分析。