實驗操作
1．填料的預處理
2．裝柱
離子交換色譜不同于凝膠色譜，柱子通常較為短小，對于一般工作，通常選長度為10-40cm的柱已足夠。柱的直徑按照欲分物質的數量來選定。對于很復雜的混合物和進行精細分析是用細長的柱，分辨率較好；對于初步分離可用較粗、容量較大的柱。裝好的柱子用起始緩沖液充分平衡后上樣。
3．上樣
離子交換色譜柱必須充分平衡后方可上樣。上樣量取決于色譜柱的交換容量，一般為交換容量的70-80%，上樣體積可以不受限制。通常低濃度樣品上樣可達床體積的幾倍到幾百倍。這一點對較稀的樣品極為有利，可以同時起到分離和濃縮的雙重作用，可謂一舉兩得。但用于分析時，為了提高分辨率，上樣量體積適當減小。用于離子交換色譜分離的樣品溶液的離子強度和pH值必須與起始緩沖液（即流動相A液）一致，如不一致，應進行緩沖液轉換，可通過透析或凝膠色譜來完成。
4．洗脫、樣品收集
加樣后用足夠量的起始緩沖液洗滌除去不吸附的物質，然后再進行洗脫。洗脫可選擇不同的方法，用控制器或梯度混合器控制梯度。流出的樣品組分經紫外檢測器實時檢測（檢測波長一般為280nm），用分部收集器或手工收集。
5．再生
樣品洗脫完畢后要進行再生，以除去仍然結合在柱子上未完全洗下的一些蛋白質，通常用100%流動相B液再洗脫1個柱體積即可。
6. 平衡
再生后的柱子欲再次進樣需重新進行平衡，平衡一般用100%A液（即0%B液）洗滌柱子至少四個柱體積。
7．保存
柱子不用時應用強洗脫劑洗去結合于柱子上的雜質，然后再用蒸餾水徹底清洗后加抑菌劑保存。